Repas protéiné : 7 astuces pour augmenter vos apports
février 9, 2026SIBO et hypothyroïdie : le guide complet
L’intestin et la thyroïde entretiennent une relation étroite et pas assez mise en perspective. Lorsque l’un se dérègle, l’autre en subit fréquemment les conséquences. Cette interaction est particulièrement évidente chez les personnes ayant une hypothyroïdie.
Parmi les troubles digestifs fréquemment associés aux déséquilibres thyroïdiens figure le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth), ou prolifération bactérienne de l’intestin grêle. Ballonnements persistants, constipation chronique, diarrhée, fatigue inexpliquée, carences nutritionnelles… Ces troubles digectifs pouvant être à la fois cause et conséquence d'un ralentissement de la thyroïde.
Comprendre le lien entre SIBO et hypothyroïdie permet d’adopter une approche globale, centrée les volets intestin ET thyroïde, afin d’améliorer durablement la santé digestive, hormonale et immunitaire.
Qu’est-ce que le SIBO (prolifération bactérienne de l’intestin grêle) ?
Le SIBO correspond à une prolifération excessive de bactéries dans l’intestin grêle, une zone du système digestif normalement peu colonisée comparée au côlon. L’intestin grêle joue un rôle central dans la digestion et l’absorption des nutriments : vitamines, minéraux, acides aminés, lipides et glucides digérés y sont assimilés avant de passer dans la circulation sanguine.
Lorsque des bactéries en excès colonisent cette portion de l’intestin, elles fermentent les glucides alimentaires. Cette fermentation produit des gaz, pouvant être de l’hydrogène, du sulfure d'hydrogène ou du méthane (on parle de IMO dans ce dernier cas). Ces gaz sont responsables de ballonnements, de douleurs abdominales, de fatigue et de troubles du transit (diarrhées sauf pour l'IMO occasionnant de la constipation). Au-delà de l’inconfort digestif, cette prolifération bactérienne perturbe l’absorption des nutriments et peut endommager l'écosystème intestinal.
Le SIBO est une dysbiose intestinale, qui altère la barrière intestinale et contribue à un état inflammatoire chronique.
Pourquoi l’hypothyroïdie favorise-t-elle le développement d’un SIBO ?
Les hormones thyroïdiennes, en particulier la triiodothyronine (T3), interviennent dans de nombreuses fonctions métaboliques, dont la régulation de la motilité intestinale. Elles influencent les contractions musculaires du tube digestif qui permettent la progression des aliments et le nettoyage naturel de l’intestin entre les repas.
En cas d’hypothyroïdie, ce mécanisme ralentit. Le transit intestinal devient plus lent, la vidange de l'estomac est retardée et le complexe moteur migrant, chargé d’éliminer le contenu de l'intestin grêle vers le colon, fonctionne moins efficacement. Cette stagnation du contenu intestinal crée un environnement propice à la prolifération bactérienne dans l’intestin grêle.
Chez les personnes atteintes de thyroïdite de Hashimoto, le phénomène du SIBO peut être encore plus marqué, la composante auto-immune s’accompagnant souvent d’une inflammation chronique et d’un déséquilibre du microbiote intestinal.
Ainsi, l’hypothyroïdie peut être considérée comme un facteur de risque majeur de prolifération bactérienne de l’intestin grêle.
Les symptômes du SIBO et étiquette du syndrome de l’intestin irritable
Le SIBO provoque un ensemble de troubles digestifs et systémiques qui peuvent facilement vous mettre dans la case "syndrome de l’intestin irritable (SII)".
Sur le plan digestif, les personnes touchées décrivent fréquemment des ballonnements importants après les repas, une sensation de gonflement abdominal visible, des douleurs ou crampes, ainsi qu’une production excessive de gaz. Le transit peut être perturbé, avec des épisodes de diarrhée, de constipation ou une alternance des deux. Dans les formes dominées par la production de méthane, la constipation chronique est particulièrement fréquente.
Au-delà des troubles digestifs, le SIBO peut entraîner des signes généraux liés à la malabsorption des nutriments. La fatigue chronique, le brouillard cérébral, les troubles de la concentration et la faiblesse musculaire sont régulièrement rapportés. Des carences en vitamine B12, en fer ou en vitamine D peuvent apparaître, aggravant la sensation d’épuisement déjà présente chez les personnes ayant une hypothyroïdie.
Cette superposition de troubles complique souvent l'enquête. Beaucoup de personnes attribuent leurs troubles digestifs au simple ralentissement métabolique lié à l’hypothyroïdie, sans envisager une prolifération bactérienne sous-jacente.
SIBO et malabsorption : un impact direct sur la fonction thyroïdienne
La santé thyroïdienne dépend d’un apport adéquat et d’une bonne absorption de plusieurs micronutriments essentiels. Or, le SIBO perturbe précisément cette absorption.
Le fer est indispensable aux enzymes de la synthèse des hormones thyroïdiennes. Le sélénium est nécessaire au processus de conversion de la thyroxine (T4) en triiodothyronine (T3), la forme active de l’hormone. Le zinc intervient également dans le métabolisme thyroïdien. Une carence en vitamine B12 peut accentuer la fatigue et les troubles neurologiques, tandis qu’un déficit en vitamine D peut déséquilibrer la réponse immunitaire et l'action de la T3 dans nos cellules.
Lorsque la prolifération bactérienne altère l’assimilation de ces nutriments, votre traitement peut sembler moins efficace. Certaines personnes présentent des symptômes persistants malgré des analyses biologiques apparemment équilibrées. La malabsorption liée au SIBO peut en partie expliquer cette discordance.
Agir sur la cause digestive permet alors à la fois d’optimiser l’efficacité de votre traitement thyroïdien et de votre propre thyroïde (si vous l'avez toujours) et ainsi de restaurer un meilleur équilibre métabolique.
Inflammation, intestin perméable et auto-immunité thyroïdienne
Le SIBO ne se limite pas à un désordre localisé dans l’intestin grêle. En favorisant l’hyperperméabilité intestinale, il permet le passage de fragments bactériens et de toxines dans la circulation sanguine. Ce phénomène, souvent désigné sous le terme d’«intestin perméable», sur-sollicite le système immunitaire et entretient une inflammation chronique. Ce phénomène peut conduire au développement d'une auto-immunité (ex: Hashimoto).
Chez les personnes ayant une thyroïdite de Hashimoto, cette activation immunitaire peut contribuer à l’augmentation des anticorps antithyroïdiens. L’axe intestin-thyroïde devient alors un élément clé dans l'accompagnement.
A lire également --> Candidose et problèmes de thyroïde auto-immuns
Un microbiote intestinal déséquilibré, associé à une perméabilité intestinale accrue, peut agir comme un déclencheur ou un facteur aggravant des maladies auto-immunes. Dans ce contexte, la prise en charge du SIBO dépasse la simple amélioration des symptômes digestifs : elle s’inscrit dans une stratégie globale de modulation de l’inflammation et de soutien immunitaire.
Comment savoir si on a un SIBO en hypothyroïdie ?
Le test respiratoire au lactulose est le plus utilisé. Après ingestion d’une solution contenant du lactulose, les gaz produits par les bactéries sont mesurés dans l’air expiré. Une élévation précoce des taux d’hydrogène ou de méthane suggère une prolifération bactérienne dans l’intestin grêle.
Des analyses complémentaires peuvent être proposées afin d’évaluer les carences nutritionnelles ou d’exclure d’autres troubles digestifs. Chez une personne en hypothyroïdie présentant des troubles digestifs persistants, une recherche de la présence d'un SIBO peut s’avérer pertinent, notamment lorsque les symptômes ne s’améliorent pas malgré une optimisation du traitement hormonal.
Accompagnement du SIBO en naturopathie fonctionnelle
La gestion du SIBO repose sur une approche globale et personnalisée. L’objectif n’est pas seulement de réduire la prolifération bactérienne, mais aussi de corriger les facteurs sous-jacents, notamment les causes de ralentissement digestif et/ou de la motilité intestinale. Dans notre propos cela peut donc être lié à l'hypothyroïdie mais aussi à:
- des carences
- une alimentation et comportement alimentaire inadapté
- hypochlorhydrie
- stress chronique
- mauvaise matication
Au niveau médical une antibiothérapie, comme la rifaximine, est souvent utilisée pour diminuer la charge bactérienne.
Dans certaines situations, des antimicrobiens d’origine végétale peuvent être proposés.
A ceci doit s'ajouter une adaptation alimentaire visant à limiter les glucides fermentescibles, comme dans le cadre d’un régime pauvre en FODMAP. Celui-ci doit être mené par un praticien aguerri qui doit également vous aider dans la phase de réintroduction progressive (phase la plus délicate et dont le timing est très personnel). Je peux vous aider là-dessus si besoin en consultation.
Chez les personnes en hypothyroïdie, il est essentiel d’optimiser l’équilibre hormonal afin de restaurer une digestion et une motilité intestinale satisfaisante. Un soutien du microbiote personnalisé et une correction des carences en vitamines et minéraux complètent la stratégie d'action.
Le suivi est ensuite fondamental, car le SIBO présente un risque de récidive, en particulier si la cause profonde — comme une hypothyroïdie persistante — n’est pas prise en compte.
SIBO, périménopause et ménopause : une interaction hormonale supplémentaire
Chez les femmes en périménopause ou en ménopause, la baisse des œstrogènes influence la motilité intestinale et la composition du microbiote. Le transit peut être perturbé, favorisant ainsi la prolifération bactérienne dans l’intestin grêle.
Lorsque cette transition hormonale s’associe à une hypothyroïdie, le risque de troubles digestifs chroniques augmente. Les ballonnements, la constipation et la fatigue peuvent alors être attribués exclusivement aux fluctuations hormonales, retardant la détection d’un éventuel SIBO.
Une approche intégrative tenant compte à la fois de la santé hormonale, digestive et immunitaire est particulièrement pertinente chez ces personnes.
A lire --> Mon article sur l'approche fonctionnelle de la thyroïde
Conclusion : restaurer l’équilibre de l’axe intestin-thyroïde
Le lien entre SIBO et hypothyroïdie illustre l’importance d’une vision globale de la santé et d'un accompagnement en naturopathie fonctionnelle. La prolifération bactérienne de l’intestin grêle ne se limite pas à des troubles digestifs inconfortables ; elle peut influencer la fonction thyroïdienne, l’immunité et l’état inflammatoire général.
Chez les personnes ayant une thyroïdite de Hashimoto ou d’hypothyroïdie persistante malgré un traitement adapté, explorer la piste d’un déséquilibre du microbiote intestinal peut représenter une étape décisive. En restaurant la motilité intestinale, en corrigeant les carences nutritionnelles et en réduisant l’inflammation, il est possible d’améliorer non seulement la digestion, mais aussi l’équilibre hormonal et la qualité de vie.
L’axe intestin-thyroïde constitue un pilier central de l'accompagnement des troubles thyroïdiens. Intégrer la santé digestive dans le soutien de l’hypothyroïdie ouvre la voie à une approche plus complète, personnalisée et donnant des résultats sur le long terme.
Références:
Mehravar S, Wei M, Leite G, Barlow GM, Rezaie A, Naji P, Pimentel M, Mathur R. SUN-396 Small Intestinal Bacterial Overgrowth Associated With Higher Risk of Hashimoto’s Thyroiditis. J Endocr Soc. 2025 Oct 22;9(Suppl 1):bvaf149.2405. doi: 10.1210/jendso/bvaf149.2405. PMCID: PMC12544971.
Rezaie, A., et al. (2017). Small Intestinal Bacterial Overgrowth in Irritable Bowel Syndrome. Gastroenterology, 152(6), 1106–1111
Wei M, Mehravar S, Leite G, Naji P, Barlow GM, Hosseini A, Rashid M, Sanchez M, Fajardo CM, Pimentel M, Mathur R. Relationship between hypothyroidism, risk of small intestinal bacterial overgrowth, and duodenal microbiome alterations. J Clin Endocrinol Metab. 2025 Sep 5:dgaf495. doi: 10.1210/clinem/dgaf495. Epub ahead of print. PMID: 40908532.
Patil AD. Link between hypothyroidism and small intestinal bacterial overgrowth. Indian J Endocrinol Metab. 2014 May;18(3):307-9. doi: 10.4103/2230-8210.131155. PMID: 24944923; PMCID: PMC4056127.
Dites-moi en commentaire si cet article vous parle ou me partager votre témoignage !
Article écrit par Sabrina Deschamps, biologiste, naturopathe fonctionnnelle, formatrice et fondatrice du site.
Son Youtube : clique ici
Son Podcast : clique ici
Son Programme Thyro Révolution : clique ici